در سال 1239 هـ . ق در روستای «شوند درگزین» از توابع همدان، نوزادی به این عالم خاكی قدم نهاد كه در اثر شو و نما در خانواده‌ای كه مهد اخلاق و تقوا بود، به رفیع‌ترین قله‌های عرفان و تهذیب نفس صعود كرد. او آن چنان با عشق و شور به سیر و سلوك معنوی پرداخت كه عارفان حقیقت جو و سالكان طریق توحید از توشه‌های سلوك وی پیمانه‌ها پر كردند. تا آن كه نام این الگوی زهد و عبادت و تقوا، و طلایه‌دار عرفان اسلامی، زینت بخش محفل ره‌پویان حقیقت طلب درصدسال اخیر گردید.
آخوند همدانی در مكتب عرفان سید شوشتری، به مراتب عالی سیر و سلوك معنوی نائل شد. استاد به او علاقة ویژه‌ای داشت. علاقة استاد به او چنان بود كه وقتی آخوند در مدرسة سلیمیه به مرض صعب العلاجی دچار می‌شود، صد تومان به پزشك حاذقی می‌دهد كه او را درمان كند. در آن زمان ثروت كم‌تر كسی در نجف به صد تومان می‌رسید.
آخوند همدانی با راهنمایی این استاد عارف، توانست بعد از رحلت شیخ انصاری، مشغول تربیت جانهای مشتاق و دلهای آماده شود
به هنگام تدریس، شاگردانش آن چنان تحت تأثیر سخنان او قرارمی‌گرفتند كه خویش را از یاد می‌بردند و ساعتها محو روحانیت كلام استاد می‌شدند. علامه طباطبایی (ره) نقل می‌كند:
«مرحوم آقا سید علی قاضی می‌فرمود: در ایام تشرفم به نجف اشرف، روزی در معبری فردی را دیدم كه كنترل كافی بر خویش نداشت. از یكی پرسیدم: آیا این مرد اختلال فكر و حواس دارد؟ در پاسخ گفت: خیر، او هم اكنون از جلسة درس اخلاق آخوند ملا حسینقلی همدانی برخاسته است و این از خود بی‌خودی كه در او مشاهده می‌شود، تأثیر كلام و تصرف روحی آن جناب است.»